본 글은 세무법인 지율 손창용 세무사가 작성한 참고용 일반정보입니다. 실제 의사결정 시에는 반드시 관련 세법·국세청 해석 등 공식 자료를 추가로 확인하시기 바라며, 본 글만을 근거로 한 조치에 대해 작성자 및 세무법인은 책임지지 않습니다.
작성일 2026. 7. 30. 본 검토의 개정 금액 및 부칙 적용례는 언론보도·요약자료에 기초한 것으로 조문 원문 대조가 필요합니다. 국가법령정보센터에서 조특령 제104조의5 개정문과 부칙을 반드시 확인하시기 바랍니다.
1. 결론
| 관점 | 적용 금액 | 핵심 논거 |
|---|---|---|
| ① 법령 문언(해석론) | 건당 10,000원(종전) | 공제 기초가 되는 대리 전자신고일이 모두 시행일(2026.2.27.) 이전 |
| ② 과세관청(집행론) | 건당 5,000원(개정) | 부칙상 "전자신고"를 세무사 본인의 신고행위로 해석 |
| ③ 세무대리인(실무) | 5,000원 신고 후 경정청구 | 가산세 리스크 회피 + 회복 가능성 확보 |
2. 개정 내용
조세특례제한법 시행령 제104조의5, 대통령령 제36127호(2026. 2. 27. 공포·시행)
| 대상 | 종전 | 개정 |
|---|---|---|
| 부가가치세 | 건당 10,000원 | 건당 5,000원 |
| 종합소득세·법인세 | 건당 20,000원 | 건당 10,000원 |
| 양도소득세 | 건당 20,000원 | 현행 유지 |
- 부칙 적용례 : "이 영 시행 이후 전자신고하는 분부터 적용"
- 입법 경위 : 한국세무사회는 축소안이 2025년 세제개편안 및 국회 개정세법에 없었다는 점을 들어 반대 성명·서명운동을 진행. 2024년 정부 폐지안은 국회에서 폐기된 바 있음 → 위임범위 일탈 여부 자체가 다투어질 소지
3. 근거 조문
조특법 제104조의8 제3항 후단
"…직전 과세기간 동안 부가가치세를 신고한 경우에는 해당 세무사의 부가가치세 납부세액에서 제2항에 따른 금액을 공제한다."
| 구분 | 소득세·법인세 대리분 | 부가가치세 대리분 |
|---|---|---|
| 기준 기간 | 직전 과세연도 | 직전 과세기간(부가세 1기/2기) |
| 공제받는 세목 | 세무사의 소득세·법인세 | 세무사의 부가가치세 |
| 적용 금액 | 제1항에 따른 금액 | 제2항에 따른 금액 |
4. 관점 1 — 법령 문언 : 건당 10,000원
| 해석 | 대상 대리신고 건 | 전자신고일 | 결과 |
|---|---|---|---|
| A안 : 직전 과세기간 중에 전자신고한 건 | 2025년 1기 확정신고 대리분 | 2025. 7. 25. | 10,000원 |
| B안 : 직전 과세기간에 대한 신고 대리분 | 2025년 2기 확정신고 대리분 | 2026. 1. 25. | 10,000원 |
| C안 : 당해 과세기간 대리분 | 2026년 1기 확정신고 대리분 | 2026. 7. 25. | 5,000원 |
논거
- 제104조의8 제3항 후단은 "직전 과세기간"을 법률에 명문화 → C안은 법문에 반함
- 부칙의 "전자신고하는 분"은 공제의 원인이 되는 전자신고 행위를 가리키는 것이 자연스러움. 대리 전자신고가 과세요건 사실이므로 그 시점이 기준
- 신고서 제출시점 기준으로 보면 이미 종료된 과세기간의 대리행위에 사후적으로 불리한 규정을 적용하는 결과 → 소급과세 논란(국세기본법 제18조 제2항)
- 조특령 제104조의5 제6항의 신청시점 규정은 절차규정일 뿐 금액 결정 기준이 아님
반대 논거(약점)
- 부가-962(2010.7.23.) [법규과-1185, 2010.7.22.] : "전자신고 한 날이 속하는 과세기간에 대한 부가가치세 신고 시" 공제 → C안에 근접
- 다만 위 예규는 2011.12.31. "직전 과세기간" 문언 신설 이전의 해석이므로 현행 조문에 그대로 원용하기 어려움
5. 관점 2 — 과세관청 집행 : 건당 5,000원
| 요인 | 내용 |
|---|---|
| 자동 산출 | NTIS가 세무대리인 관리번호 기준으로 대리신고 건수를 집계·반영 |
| 절차규정과의 정합 | 조특령 제104조의5 제6항이 신청시점을 세무사 본인 신고 시로 규정 |
| 담당자 재량 부재 | 본청 유권해석 없이 납세자 유리 해석 채택 불가 |
| 위임범위 논란 | 시행령이 유효한 이상 집행단계에서 효력을 다투지 않음 |
신고 방식별 처리
| 신고 방식 | 처리 | 가산세 |
|---|---|---|
| 5,000원으로 신고 | 시스템 일치 → 무이슈 종결 | 없음 |
| 10,000원으로 신고 | 과다공제 → 경정 | 과소신고 10%(국기법 제47조의3) + 납부지연(제47조의4) |
| 한도 초과 공제 | 연간 누적 한도 초과분 부인 | 동일 |
| 무실적 일반과세자 본인분 | 공제 자체 배제(조특법 제104조의8 제2항 단서) | 없음 |
공식 예규가 없는 상태의 해석 차이이므로 국세기본법 제48조 제1항 "정당한 사유"에 의한 가산세 감면 주장은 가능한 영역이며, 부정행위가 아니므로 부당과소신고가산세(40%) 대상은 아닙니다. 본 항은 공표 지침이 아닌 집행구조 기반 실무 예측입니다.
6. 관점 3 — 세무대리인 실무 대응
| 전략 | 즉시 효과 | 리스크 | 회복 경로 | 평가 |
|---|---|---|---|---|
| 5,000원 신고 후 경정청구 | 공제 절반 | 없음 | 국기법 제45조의2(5년) | 권장 |
| 10,000원 신고 | 공제 전액 | 경정 + 가산세 | 불복(이의·심사·심판) | 단독 강행 비효율 |
| 5,000원 신고 후 무대응 | 공제 절반 | 없음 | 없음(권리 상실) | 비권장 |
실행 순서
- 조특령 제104조의5 개정문 및 부칙 원문 대조(국가법령정보센터)
- 2026년 7월 홈택스 신고화면의 실제 산출 기준 확인
- 5,000원으로 신고(가산세 리스크 차단)
- 국세청 서면질의 또는 한국세무사회 단체 질의 제기
- 해석 유리 시 경정청구로 차액 회수(5년 이내)
질의 핵심 쟁점
조특법 제104조의8 제3항 후단은 세무대리인의 부가가치세 전자신고세액공제를 "직전 과세기간 동안 대리 전자신고한 건"을 기초로 산정하도록 규정하고 있는바, 2026년 제1기 확정신고 시 그 기초가 되는 대리 전자신고는 모두 시행령 시행일(2026.2.27.) 이전에 이루어졌습니다. 따라서 조특령 부칙의 "이 영 시행 이후 전자신고하는 분부터 적용"이라는 적용례에 포섭되지 아니하므로 종전 금액(건당 10,000원)이 적용되어야 합니다.
7. 한도 및 부수 사항
| 항목 | 내용 | 근거 |
|---|---|---|
| 연간 한도 | 세무사 300만원 / 세무·회계법인 750만원(소득세·법인세분과 부가세분 합산) ※미확인 | 조특법 제104조의8 제4항, 조특령 제104조의5 제5항 |
| "연간"의 범위 | 1월 1일부터 12월 31일까지 | 부가가치세과-1241(2010.9.17.) |
| 신청 절차 | 세무사 본인의 과세표준신고를 하는 때에 세액공제신청서 제출 | 조특령 제104조의5 제6항 |
| 대상 신고 | 부가가치세법 제49조 확정신고 및 제67조 신고(예정신고 제외) | 조특령 제104조의5 제3항 |
| 최저한세 | 부가가치세 공제세액은 최저한세 적용대상 아님 | 조특법 제132조, 소득세과-1178 |
8. 확인 / 미확인 구분
| 항목 | 상태 |
|---|---|
| 조특법 제104조의8 제3항 "직전 과세기간" 문언 | 확인 완료(법률 원문) |
| 개정 금액(부가세 10,000원 → 5,000원) | 언론보도 확인, 조문 원문 미대조 |
| 부칙 적용례("시행일 이후 전자신고하는 분") | 요약자료 기준, 원문 미대조 |
| 연간 한도 300만원 / 750만원 | 미확인 |
| 개정 후 국세청 공식 해석 | 없음(확인되지 않음) |
| NTIS·홈택스 실제 산출 기준 | 미확인(2026년 7월 확인 필요) |
검증 경로
- 국가법령정보센터 law.go.kr — 조특법 제104조의8, 조특령 제104조의5 및 부칙
- 국세법령정보시스템 taxlaw.nts.go.kr — 예규·집행기준·상담사례
- 국세상담센터 126 / 국세청 서면질의
- 한국세무사회 세제팀 — 단체 질의·건의