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통합고용세액에서 근로자승계 시 상시근로자 수 계산 방법은?? — 대법원 2022두53921 심층분석과 사례 계산

본 글은 세무법인 지율 손창용 세무사가 작성한 참고용 일반정보입니다. 실제 의사결정 시에는 반드시 관련 세법·국세청 해석 등 공식 자료를 추가로 확인하시기 바라며, 본 글만을 근거로 한 조치에 대해 작성자 및 세무법인은 책임지지 않습니다.

📌 결론부터 말씀드리면

쟁점결론근거
적격합병 시 고용창출투자세액공제 이월액의 승계 가능 여부승계 가능. 법인세법 시행령의 각 목은 승계 자체를 제한하는 요건이 아니라 적용방법·한도 규정대법원 2022두53921 (피고 상고기각)
승계시킨·승계한 상시근로자 수의 의미합병등기일이라는 특정 시점의 실제 인원수가 아니라, 각 과세연도 동안의 매월 말 현재 상시근로자 수 자체같은 판결 (원고 상고이유 인용, 파기환송)
계산식 적용 방식월별 인원을 토대로 조특령 §23⑪1호 계산식을 기업별로, 과세연도마다 각각 적용같은 판결
직전 과세연도에 없던 신규채용자의 가감액0. 없던 사람을 빼거나 더할 수 없음같은 판결의 논리적 귀결
해당 과세연도 개시일 승계 의제의 범위승계 시점만 1월 1일로 앞당길 뿐, 채용 전 기간의 인원을 창설하지 않음판결 법리에서 도출한 해석 (직접 판시 아님)
통합고용세액공제에도 적용되는가준용 구조상 적용 가능하다고 봄이 타당. 다만 유추적용의 성격조특령 §26의8 준용 규정

💬 이런 상담이었습니다

개인사업자가 특수관계 법인에 직원 일부를 옮기는 일은 실무에서 흔합니다. 법인전환 과정이거나, 사업부문을 분리하면서 담당 직원을 그대로 넘기는 경우입니다.

그런데 이때 고용 관련 세액공제를 계산하려면 문제가 생깁니다. 세법은 "넘긴 근로자 수를 뺀다, 받은 근로자 수를 더한다"고만 되어 있을 뿐, 그 수를 어떻게 세라는지는 말하지 않습니다.

승계일에 몇 명을 옮겼는지를 세면 될까요, 아니면 그 사람들이 일 년 동안 언제부터 있었는지를 세야 할까요. 이 차이가 공제 인원을 완전히 바꿉니다. 심지어 어떤 해석을 하느냐에 따라 진짜 고용증가가 계산상 증발해 버리는 일도 생깁니다.

2025년 11월 대법원이 이 질문에 처음으로 답했습니다.

📖 관련 세법은 이렇게 규정합니다

상시근로자 수는 "인원수"가 아니라 "월별 평균"입니다

먼저 기본 개념부터 분명히 해두겠습니다. 세법상 상시근로자 수는 특정 날짜의 직원 명부를 세는 것이 아닙니다. 한 과세연도 동안의 월별 평균입니다. 그래서 연중에 사람이 드나들면 0.75명 같은 소수점이 나옵니다.

층위조문내용
계산식조특령 §23⑪1호상시근로자 수 = 해당 과세연도의 매월 말 현재 상시근로자 수의 합 ÷ 해당 과세연도의 개월 수
승계 특칙조특령 §23⑬3호가목은 합병·분할·현물출자·사업양수 등에 의한 승계, 나목은 특수관계인으로부터의 승계
이월공제 한도구 조특법 §144③해당 과세연도 상시근로자 수가 직전 과세연도를 초과하는 경우, 그 초과 인원을 기초로 계산된 금액을 한도로 이월세액공제 적용
통합고용세액공제 준용조특령 §26의8상시근로자 수 계산과 승계 특칙에 관해 §23⑪ 및 §23⑬을 준용

승계 특칙은 네 칸으로 이루어져 있습니다

구분직전 과세연도해당 과세연도
승계시킨 기업직전 과세연도 상시근로자 수 빼기 승계시킨 상시근로자 수해당 과세연도 개시일에 승계시킨 것으로 보아 계산
승계한 기업직전 과세연도 상시근로자 수 더하기 승계한 상시근로자 수해당 과세연도 개시일에 승계한 것으로 보아 계산

이 표에서 "빼기"와 "더하기"의 대상이 무엇이냐가 이번 사건의 전부입니다. 서로 정반대의 해석 두 개가 가능했고, 대법원이 그중 하나를 고른 것입니다.

🔍 쟁점별로 살펴보겠습니다

판결 개요

항목내용
사건번호대법원 2022두53921
선고일2025년 11월 6일
사건명법인세부과처분취소
결정유형일부국패
주문원심판결의 원고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 피고의 상고를 기각한다

사실관계 흐름

시점내용
2015. 5. 19.원고 법인이 기업인수 목적으로 설립
합병 전피합병법인이 11,810,645,680원을 투자해 충북 진천에 창고시설 신축
2016. 9. 21.원고가 피합병법인을 흡수합병(적격합병). 같은 날 상호를 피합병법인 상호로 변경하고 사업목적을 식품 프랜차이즈업 등으로 변경
피합병법인 신고2016 의제사업연도(2016.1.1.에서 9.21.)에 고용창출투자세액공제 적용. 그런데 승계 특칙 적용 결과 상시근로자 증가인원이 0명으로 산출되어 기본공제만 적용
이월액 발생공제받지 못한 추가공제금액 697,455,140원이 이월
2016·2017 사업연도원고가 이월액을 승계해 각각 414,900,000원, 282,555,140원 공제. 이때 승계한 상시근로자 수를 합병등기일 기준 실제 인원이 아니라 피합병법인의 직전 과세연도 매월말 인원을 전제로 삼음
2018. 10. 24.서울지방국세청 종합감사 후 추가공제금액 부인. 2016 사업연도 476,677,840원, 2017 사업연도 374,688,890원(각 가산세 포함) 경정·고지

여기서 꼭 짚고 가야 할 대목이 있습니다. 피합병법인은 118억 원을 투자해 창고를 짓고 사람을 채용했는데도 증가인원이 0명으로 나왔습니다. 이유는 승계 특칙 때문입니다. 승계시킨 기업의 해당 과세연도는 "개시일에 승계시킨 것으로 보아" 계산하므로, 그 사업부문 인원이 통째로 빠져 버리기 때문입니다. 그래서 공제를 못 받고 이월된 것입니다.

그렇다면 넘긴 쪽에서 0이 된 고용증가는 받은 쪽에서 살아나야 합니다. 그러지 않으면 실제로 생긴 고용증가가 세제상 어느 쪽에서도 인정받지 못하는 공백이 생깁니다. 이것이 이 사건의 실질입니다.

쟁점 1 — 이월액을 승계할 수 있는가 (과세관청 상고이유)

과세관청은 애초에 승계 자체가 안 된다고 주장했습니다. 대법원은 다음 구조로 이를 배척했습니다.

단계조문내용
1구 법인세법 §44의3②적격합병 시 과세상 기업으로서의 계속성을 인정한다는 취지에서, 피합병법인의 결손금·감면·세액공제 등을 합병법인이 승계
2구 법인세법 §59①제3호이월공제가 인정되는 세액공제를 세액공제의 하나로 규정
3구 법인세법 시행령 §80의4②합병법인은 피합병법인이 합병 전 적용받던 감면·세액공제를 승계해 적용받을 수 있음. 다만 그 요건이 다른 법률에 있으면 그 요건도 모두 갖추어야 함
4구 법인세법 §45④, 시행령 §81③승계한 감면·세액공제는 승계받은 사업에서 발생한 소득금액 범위에서 적용. 각 목별로 공제액 계산방법과 허용 범위·한계를 정함

대법원의 결론은 이렇습니다. 시행령 §81③제2호 각 목은 승계를 전제로 구체적 적용방법과 한도를 정한 규정이지, 승계 자체를 제한하는 추가 요건이 아니라는 것입니다. 더욱이 시행령 §80의4②이 "요건이 다른 법률에 있을 수 있음"을 명시하고 있으므로, 법인세법령 밖의 다른 법령(조특법·조특령)이 구체적 적용방법을 정하는 것이 차단되지 않는다고 보았습니다.

쟁점 2 — 승계 인원을 어떻게 세는가 (납세자 상고이유)

이제 핵심입니다. 양쪽 입장이 정반대였습니다.

구분원심 (서울고등법원)대법원
승계 인원의 성질합병등기일이라는 특정한 시점에 실제 승계시키거나 승계한 인원수 자체직전·해당 과세연도 두 가지 모두 특정 날짜 기준이 아니라, 각 과세연도 동안 피합병법인의 매월 말 현재 상시근로자 수 자체
월별 평균 계산식을 쓸 수 있나계산식은 증감 변동하는 인원을 과세연도라는 기간 단위로 평균하는 구조이므로, 특정 시점 인원을 산정하는 국면에는 적용할 수 없다계산식 가운데 나타난 바와 같이 월별 인원을 의미하며, 이를 토대로 계산식을 적용해 도출된 수를 상시근로자 수로 삼아야 함
계산식 적용 단위피합병법인과 합병법인별로 과세연도마다 적용
결론납세자 패소법리오해 → 파기환송

대법원이 든 세 가지 논거

순번표제내용
1해석 원칙조세법규는 특별한 사정이 없는 한 문언대로 해석하고 확장·축소해석은 허용되지 않는다. 다만 법규 상호 간 해석으로 의미를 명백히 할 필요가 있을 때는, 법적 안정성과 예측 가능성을 해치지 않는 범위에서 입법 취지와 목적을 고려한 합목적적 해석이 허용된다 (대법원 2019두56333 판결 등)
2입법 취지이 조항은 합병 시 피합병법인과 합병법인을 통합된 하나의 단위로 보아, 합병 전 법인들의 상시근로자 수와 합병 후 하나가 된 법인의 상시근로자 수 사이에 차이가 없도록 하는 데 취지가 있다. 그렇다면 구체적 계산 단계에서도 두 법인을 하나의 법인인 것처럼 취급해야 한다
3문언 구조조항은 과세연도 상시근로자 수에 승계 인원을 빼거나 더하도록 정하고 있을 뿐, 합병등기일을 기준으로 삼도록 명시하고 있지 않다. 두 법인이 마치 합병 이전부터 하나였던 것처럼 해당 사업부문 전체가 그대로 이어진다고 보는 관점에서, 여기서의 승계 상시근로자 수는 직전·해당 과세연도에 걸친 해당 사업부문의 월별 상시근로자 수를 의미한다

논거 3이 실무적으로 가장 중요합니다. 대법원은 승계를 "사람을 몇 명 옮겼는가"가 아니라 "사업부문이 그대로 이어졌는가"의 문제로 보았습니다. 그래서 세는 대상도 개인이 아니라 그 사업부문의 월별 인원입니다. 실무에서는 승계 대상 사업부문의 범위를 먼저 확정하는 작업이 선행되어야 합니다.

쟁점 3 — 통합고용세액공제에도 적용될까

판결은 고용창출투자세액공제의 이월공제 한도 사건이었습니다. 지금 실무에서 훨씬 자주 쓰는 것은 통합고용세액공제입니다.

국면적용 가능성이유
공제액 산정 (증가인원 계산)높음시행령이 §23⑪·⑬을 명시적으로 준용. 계산 구조가 동일
청년등상시근로자 수높음준용 규정이 청년등상시근로자 수에도 적용된다고 명시. 다만 청년 해당 여부가 월별로 변동할 수 있음에 유의
이월공제 한도매우 높음대법원이 직접 판시한 바로 그 국면
적격합병 시 이월액 승계가능쟁점 1의 법리가 그대로 적용. 통합고용세액공제도 이월공제가 인정되는 세액공제
사후관리 추징불확실준용 규정이 적용 범위를 한정하고 있어 문언 확인 필요

🧮 사례로 계산해 보면

아래 사례는 계산 구조를 설명하기 위한 가상의 예시입니다. 실제 사안은 근로자별 재직 기간, 근로계약 요건, 사업부문의 범위에 따라 결과가 달라집니다.

공통 설정

구분개인사업자특수관계 법인
2024년 내내5명 계속 근무2명 계속 근무
2025년 신규 채용2명없음
2025년 중 승계3명을 법인에 승계 (이 중 1명은 2025년 신규 채용자)3명 승계받음

승계 3명을 분해하는 것이 시작입니다

구분인원2024년 매월말 재직직전 과세연도 가감액
2024년부터 근무한 기존 근로자2명12개월 전부 재직2명 곱하기 12개월 = 24
2025년 신규 채용자1명존재하지 않음0
합계3명24

승계 인원은 분명히 3명인데, 직전 과세연도에서 가감하는 것은 2명분뿐입니다. 2025년에 채용된 1명은 2024년의 어느 월말에도 존재하지 않았기 때문입니다. 없던 사람을 빼거나 더할 수는 없습니다.

사례 A — 2025년 1월 1일 채용

개인사업자의 월별 산정

과세연도기간실제 재직승계 분 조정조정 후소계
2024 (직전)1월말에서 12월말5명기존 2명 차감3명36
2025 (해당)1월말에서 12월말7명3명 제외 (개시일 승계 의제)4명48

직전 36 나누기 12 = 3명, 해당 48 나누기 12 = 4명, 증감 플러스 1명

법인의 월별 산정

과세연도기간법인 자체승계 분 가산합계소계
2024 (직전)1월말에서 12월말2명기존 2명만 가산4명48
2025 (해당)1월말에서 12월말2명3명 (개시일 승계 의제)5명60

직전 48 나누기 12 = 4명, 해당 60 나누기 12 = 5명, 증감 플러스 1명

사례 A 종합

구분직전 (2024)해당 (2025)증감
개인사업자3명4명플러스 1명
법인4명5명플러스 1명
합계7명9명플러스 2명

합계 증가 2명은 개인사업장이 실제로 신규 채용한 2명과 정확히 일치합니다. 각각 1명씩이 배분된 이유도 명확합니다. 신규 채용 2명 중 1명은 개인사업장에 남았고, 1명은 법인으로 옮겨갔기 때문입니다.

사례 B — 채용일을 2025년 4월 20일로 바꾸면

직전 과세연도는 그대로입니다. 2025년 채용자는 1월 1일이든 4월 20일이든 2024년에는 없었기 때문입니다. 해당 과세연도만 달라집니다.

개인사업자 2025년

기간실제 재직승계 분 제외조정 후소계
1월말에서 3월말 (3개월)5명기존 2명3명9
4월말에서 12월말 (9개월)7명기존 2명 더하기 신규 1명4명36
합계45

45 나누기 12 = 3.75명

법인 2025년

기간법인 자체승계 기존 2명승계 신규 1명합계소계
1월말에서 3월말 (3개월)2명2명0명 (미채용)4명12
4월말에서 12월말 (9개월)2명2명1명5명45
합계57

57 나누기 12 = 4.75명

사례 B 종합

구분직전 (2024)해당 (2025)증감
개인사업자3명 (변동 없음)3.75명플러스 0.75명
법인4명 (변동 없음)4.75명플러스 0.75명
합계7명8.5명플러스 1.5명

합계 1.5명은 신규 채용 2명이 9개월 근무한 결과입니다. 2명 곱하기 9개월 나누기 12개월 = 1.5명.

상시근로자 수는 매월 말일 현재 인원을 셉니다. 4월 20일 채용자는 4월 말일에 이미 재직 중이므로 4월부터 산입되어 9개월입니다. 만약 5월 초 채용이었다면 5월부터 8개월만 산입됩니다. 채용일을 며칠 앞당기는 것만으로 공제 인원이 달라질 수 있습니다.

여기서 나오는 해석 논점

법인의 2025년 1월에서 3월 산정에서 신규 채용자 1명을 0명으로 본 것이 핵심입니다. 만약 "개시일에 3명을 승계한 것으로 본다"를 "3명이 1월 1일부터 있었던 것으로 본다"로 읽으면 (24 더하기 36) 나누기 12 = 5명이 됩니다.

그러나 "해당 과세연도 개시일에 승계한 것으로 본다"는 규정은 승계라는 사건의 시점을 1월 1일로 앞당기는 의제일 뿐, 존재하지도 않았던 근로관계를 창설하는 규정이 아닙니다. 4월 20일 채용자는 1월에서 3월에 어느 사업장에도 없었습니다. 대법원이 "매월 말 현재 상시근로자 수 자체"라고 한 이상, 없는 사람을 세울 수는 없습니다.

사례 C — 승계 근로자가 직전연도 말에 입사한 경우

범위를 넓혀 보겠습니다. 법인이 특수관계 개인사업자로부터 2026년 7월 1일에 3명을 승계받았고, 그 3명은 2025년 10월 20일에 개인사업장에 입사했으며, 법인에는 기존 직원 2명이 있다고 합시다.

과세연도기간기존 직원승계 3명합계소계
2025 (직전)1월말에서 9월말 (9개월)2명0명 (입사 전)2명18
2025 (직전)10월말에서 12월말 (3개월)2명3명5명15
2026 (해당)1월말에서 12월말 (12개월)2명3명 (개시일 승계 의제)5명60

직전 (18 더하기 15) 나누기 12 = 2.75명, 해당 60 나누기 12 = 5명, 증감 플러스 2.25명

실제 승계일이 7월 1일이지만 계산에는 영향을 주지 않습니다. 개시일 승계 의제 때문입니다. 만약 이 의제가 없었다면 (24 더하기 18) 나누기 12 = 3.5명이 되었을 것입니다.

입사시점별 민감도

동일 조건에서 승계 근로자의 입사시점만 달리하면 결과가 이렇게 갈립니다. (사례 C 기준, 법인만)

승계 3명의 입사시점직전 (2025)해당 (2026)증감
2024년 이전5명5명0명
2025년 10월 20일2.75명5명플러스 2.25명
2026년 신규채용 후 승계2명5명플러스 3명

이 표가 규정의 작동 원리를 가장 잘 보여줍니다. 이미 있던 사람을 옮기면 증가 0명, 새로 뽑은 사람을 옮기면 그만큼 증가입니다. 제도의 취지가 정확히 구현되고 있습니다.

만약 원심 방식이었다면 — 이중 왜곡

승계 인원을 승계일 시점의 3명 고정값으로 보면 사례 A의 결과가 이렇게 뒤틀립니다.

구분대법원 방식원심 방식문제점
개인 직전(60 빼기 24) 나누기 12 = 3명(60 빼기 36) 나누기 12 = 2명없던 1명을 차감
개인 증감플러스 1명플러스 2명과대 산정
법인 직전(24 더하기 24) 나누기 12 = 4명(24 더하기 36) 나누기 12 = 5명없던 1명을 가산
법인 증감플러스 1명0명고용증가 소멸
합계플러스 2명플러스 2명총량은 같으나 배분이 왜곡

원심 방식은 같은 1명을 두 번 잘못 다룹니다. 개인사업자 쪽에서는 실재하지도 않았는데 차감하고, 법인 쪽에서는 실재하지도 않았는데 가산합니다. 그 결과 진짜 고용증가가 없는 쪽에서는 공제가 나오고, 있는 쪽에서는 사라집니다. 대법원이 파기환송한 이유가 사례에서 선명하게 드러납니다.

검산은 이렇게

검산 항목확인 방법
직전 과세연도 대칭성승계시킨 쪽 차감액과 승계한 쪽 가산액이 같은 값이어야 함
해당 과세연도 대칭성승계시킨 쪽 제외분과 승계한 쪽 가산분이 같은 값이어야 함
총량두 사업자의 증감 합계가 그룹 전체의 실제 순증 인원과 일치해야 함

세 가지가 모두 맞아떨어지지 않으면 어딘가에 계산 오류가 있는 것입니다.

✅ 정리 및 실무 포인트

자료 준비

  • 승계 대상 사업부문의 범위를 먼저 확정했는가 (대법원은 개인이 아니라 사업부문의 월별 인원이라고 표현)
  • 승계 대상자의 직전·해당 과세연도 전체 월말 인원 명세를 확보했는가 (승계일 인수인계 명단만으로는 부족)
  • 중도 입사·퇴사가 있었다면 해당 월만 제외했는가

요건 검토

  • 승계 근로자의 근로계약기간 요건을 충족하는가
  • 근로관계가 단절 없이 승계되었는지, 형식상 퇴사·재입사 처리인지 확인했는가
  • 임원·최대주주 특수관계인 등 상시근로자 제외 대상이 섞여 있지 않은가

사후 관리

  • 승계시킨 사업자의 사후관리 추징 대상 여부를 검토했는가
  • 과거에 승계일 시점 인원 기준으로 신고해 증가가 0 또는 과소 산출된 사례가 있다면 경정청구 실익을 검토했는가
  • 금액이 크거나 다툼 소지가 있다면 국세청 사전답변을 검토했는가

이 법리는 납세자에게 항상 유리한 것이 아닙니다. 승계 사업부문의 인원이 직전 과세연도에 적었다가 늘어나는 추세면 유리하고, 많았다가 줄어드는 추세면 불리합니다. 사안별로 양방향 검산이 필요한 중립적 법리입니다.

확정 시행령 문언과 부칙(적용례) 확인이 반드시 선행되어야 합니다.

📚 관련 예규·판례

문서번호일자요지
대법원 2022두539212025.11.6.승계시킨·승계한 상시근로자 수는 승계일 시점의 실제 인원이 아니라 각 과세연도의 매월 말 현재 상시근로자 수를 의미. 이를 토대로 계산식을 기업별·과세연도별로 적용. 아울러 적격합병 시 합병법인이 피합병법인의 고용창출투자세액공제 이월공제액을 승계할 수 있음을 확인
대법원 2019두563332020.7.29.조세법규는 문언대로 해석하되, 법적 안정성과 예측 가능성을 해치지 않는 범위에서 입법 취지를 고려한 합목적적 해석이 허용됨 (2022두53921이 인용한 법리)
서면-2019-법인-21402020.8.6사업의 양수 등으로 종전 사업을 승계한 경우 직전 과세연도 상시근로자 수는 조특령 §23⑬3호에 따라 승계한 상시근로자 수를 포함하여 계산. 해당 여부는 설립 경위, 설립 전후 운영 실태, 경영관계 등을 감안한 사실판단 사항
사전-2020-법령해석소득-00322020.4.27공동사업장 구성원이 탈퇴하면서 기존 사업을 다른 구성원에게 승계시키고 새 장소에서 동일 업종을 개업한 경우, 직전 과세연도 상시근로자 수는 조특령 §23⑬3호에 따름

🔗 근거는 여기서 확인하세요

✍️ 맺음말

이 판결의 메시지는 한 문장으로 요약됩니다. 승계는 고용을 만들지도, 없애지도 않는다.

사람을 이쪽에서 저쪽으로 옮겼다는 이유만으로 없던 고용증가가 생기면 안 되고, 있던 고용증가가 사라져도 안 됩니다. 그러려면 승계 전후를 하나의 단위로 보고, 그 근로자가 각 과세연도의 매월 말에 어디에 있었는지를 세는 수밖에 없습니다. 대법원은 그 당연한 원칙을 조문 해석으로 확인해 주었습니다.

실무적으로는 자료 준비가 반입니다. 승계일 인수인계 명단이 아니라 두 과세연도의 월별 인원 명세를 남기셔야 합니다.