본 글은 세무법인 지율 손창용 세무사가 작성한 참고용 일반정보입니다. 실제 의사결정 시에는 반드시 관련 세법·국세청 해석 등 공식 자료를 추가로 확인하시기 바라며, 본 글만을 근거로 한 조치에 대해 작성자 및 세무법인은 책임지지 않습니다.
📌 결론부터 말씀드리면
이월세액이 통합법인·전환법인으로 승계되는지는 "자산이냐 비자산이냐"가 아니라 세액공제액을 사업장(자산)별로 구분·귀속시킬 수 있는가로 결정됩니다.
| 세액공제 | 사업장별 구분 | 시행령 §28⑧ 자산 상당액 산정 | 통합·법인전환 시 승계 |
|---|---|---|---|
| 연구·인력개발비 (조특법 §10) | 가능 | 산정 가능 | O |
| 통합고용세액공제 (조특법 §29의8) | 불가 (전체 사업장 상시근로자 기준) | 산정 대상 부존재 | X |
상반돼 보이는 국세청 예규들은 서로 모순되는 것이 아니라, 동일한 시행령 §28⑧ 요건을 각 공제의 구분가능성에 따라 적용한 일관된 결과입니다.
💬 이런 검토였습니다
중소기업 간 통합(조특법 §31) 또는 법인전환(§32)으로 소멸·전환되는 기업에 남아 있던 미공제 이월세액(§144) 을, 통합법인·전환법인이 승계하여 계속 공제받을 수 있는지가 쟁점이었습니다. 특히 모든 이월세액이 승계되는지, 아니면 승계한 자산과 관련된 이월세액만 승계되는지, 그리고 그 기준이 세액공제 종류에 따라 어떻게 달라지는지를 검토했습니다.
📖 관련 세법은 이렇게 규정합니다
| 조문 | 내용 |
|---|---|
| 조특법 §31⑥ | §144 미공제세액이 있는 내국인이 통합하는 경우, 통합법인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 미공제세액을 승계하여 공제 |
| 조특법 시행령 §28⑧ | 소멸 중소기업자로부터 승계받은 자산에 대한 미공제세액상당액을 이월공제잔여기간 내 각 과세연도에 이월공제 |
| 조특법 §32④ | 법인전환으로 설립되는 법인에 §31④~⑥ 준용 |
| 조특법 §144① | 이월공제 대상 세액공제 및 이월기간(원칙 10년) |
핵심 문언은 "자산에 대한 미공제세액상당액" 으로, 이월세액이 특정 자산·사업장에 귀속(추적)될 수 있음을 전제한 표현입니다.
🔍 쟁점별로 살펴보겠습니다
쟁점 1. 국세청은 문언을 엄격하게 적용하지 않았습니다 — 비용형(R&D)도 승계 인정
시행령 §28⑧의 "자산에 대한"을 문자 그대로 읽으면 비용형(비자산) 세액공제는 승계될 수 없다는 결론(을설)이 나옵니다. 그러나 국세청은 이를 배척하고 갑설을 택했습니다.
| 학설 | 논거 | 결론 |
|---|---|---|
| 갑설 | 자산 관련 세액공제가 아니라도 §144 미공제 이월세액이면 모두 승계 가능 | 연구·인력개발비 승계 O |
| 을설 | §32④→§31⑥→시행령 §28⑧이 "자산에 대한" 미공제세액만 규정 → 비용 세액공제 불가 | 승계 X |
| 국세청 회신 | 갑설 채택 (법인-712 참고) | 전환법인이 개인사업자의 이월공제기간 내 승계·공제 가능 |
대표적 비용형 세액공제인 연구·인력개발비(§10)의 이월세액도 승계가 인정되었습니다.
쟁점 2. 그런데 고용형 세액공제는 승계가 부정됩니다 — 2023년 예규
| 예규 | 쟁점 | 결론 |
|---|---|---|
| 사전법규법인2023-149 | 사업양수도로 승계한 양수법인이 고용증대·사회보험료 세액공제 잔여 공제연도 승계 가능한지 | 양수법인 승계 불가 |
| 사전법규소득2023-267 | 고용 관련 최저한세 미공제 이월액을 사업 포괄양도 후 계속 적용 가능한지 | 사후관리(§29의7②·§30의4②) 미저촉 시 §144①에 따라 양도인이 이월공제 |
상시근로자 수는 전체 사업장 기준으로 계산되므로(시행령 §23⑬제3호 취지), 이월세액을 특정 자산·사업장에 귀속시킬 방법이 없습니다.
쟁점 3. 두 결론을 관통하는 기준 — 세액공제액의 '산정단위'
| 구분 | 연구·인력개발비 (§10) | 통합고용세액공제 (§29의8) |
|---|---|---|
| 세액공제액 산정단위 | 사업장별 산정 가능 | 전체 사업장 상시근로자 기준 |
| 이월세액의 사업장 귀속 | 실질적 추적 가능 | 추적 불가 (귀속 사업장 부존재) |
| §28⑧ 자산 상당액 | 산정 가능 → 승계 O | 산정 대상 없음 → 승계 X |
통합고용세액공제가 승계되지 않는 근본 이유는 "비자산이라서"가 아니라, §28⑧이 요구하는 자산 귀속 상당액 자체를 산정할 수 없기 때문입니다.
쟁점 4. 주의 — 시행령 §9⑩은 이월세액 안분근거가 아닙니다
조특법 시행령 §9⑩의 매출액·자산가액 비율 안분은 증가분(초과분) 방식의 당해연도 세액공제액 계산 시 R&D 발생액을 안분하는 규정이며, 이미 발생한 이월세액을 사업장별로 나누는 규정이 아닙니다. 이월세액 자체의 사업장별 안분 명문규정은 R&D·고용형 모두 확인되지 않습니다.
✅ 정리 및 실무 포인트
- 이월세액 승계의 1차 기준은 자산·사업장별 구분(산정)가능성
- 연구·인력개발비는 구분 가능 → 승계 인정 (법인-173·712)
- 통합고용세액공제는 전체 사업장 기준 → 구분 불가 → 승계 부정 (2023년 예규)
- R&D 이월세액의 부분이전 안분, 이월세액이 최저한세(전체 세액 단위)에서 발생하는 본질은 미확립 → 사전답변으로 확인 권고
📚 관련 예규·판례
| 문서번호 | 일자 | 요지 |
|---|---|---|
| 법인-173 | 2014.4.11 | 법인전환 신설법인의 개인사업자 이월공제세액 승계 여부 — 법인-712 참고(갑설) |
| 법인-712 | 2012.11.22 | §144 이월세액, §32 사업양수도 법인전환 시 전환법인 승계 가능 |
| 사전법규법인2023-149 | 2023.6.27 | 사업양수도 시 양수법인은 고용증대·사회보험료 세액공제 잔여공제 승계 불가 |
| 사전법규소득2023-267 | 2023.6.22 | 고용 관련 최저한세 이월액은 사후관리 미저촉 시 양도인이 §144로 이월공제 |
| 사전-2021-법령해석법인-0432 | 2021.5.11 | §32 법인전환 시 상시근로자수 미감소 조건으로 고용증대세액공제 승계 적용 가능 |