조세특례제한법

성실신고확인비용 세액공제 — 이월세액이 있으면 해당연도 공제한도는 어떻게 적용될까?

본 글은 세무법인 지율 손창용 세무사가 작성한 참고용 일반정보입니다. 실제 의사결정 시에는 반드시 관련 세법·국세청 해석 등 공식 자료를 추가로 확인하시기 바라며, 본 글만을 근거로 한 조치에 대해 작성자 및 세무법인은 책임지지 않습니다.

📌 결론부터 말씀드리면

쟁점결론근거
이월세액이 있을 때 한도 적용120만원(법인 150만원) 한도는 당해연도에 발생한 확인비용에 대한 한도입니다. 전기에서 이월된 미공제세액은 이 한도와 별도로 합산하여 공제합니다조특법 §126의6①, §144②, 조특칙 별지 제78호 서식
추징 이후 재공제 시기경정일이 속하는 과세연도에는 공제 가능하고, 그 다음 과세연도부터 3개 과세연도 동안 공제가 배제됩니다조특법 §126의6②③
서식의 근거로서의 지위별지 제78호 서식은 기획재정부령상 서식이므로 예규보다 형식적 효력이 앞섭니다. 다만 서식이 실체적 과세요건을 창설하지는 못하므로 법령 문언과 함께 근거로 삼는 것이 안전합니다조특령 §121의6②
국세청행정해석성실신고 확인비용에 대한 세액공제 적용 시 당해 과세연도에 실제 공제가능한 세액은 “이월된 미공제세액”에 “당해 과세연도에 성실신고 확인에 직접 사용한 비용의 100분의 60에 해당하는 금액으로서 한도액 범위내에서 계산된 공제액”을 합한 금액인 것임서면소득2026-2516, 2026.07.23.

💬 이런 내용을 다루었습니다

성실신고확인비용 세액공제는 한도가 개인 120만원, 법인 150만원으로 크지 않습니다. 그런데 산출세액이 부족해 공제받지 못한 금액이 이월되어 있는 경우, 그 다음 과세연도에 이월액과 당기 발생액을 합쳐서 120만원(150만원)까지만 공제되는지, 아니면 이월액과 당기분을 각각 공제받을 수 있는지가 실무에서 자주 부딪히는 문제입니다.

또 하나는 시기의 문제입니다. 과소신고로 공제세액을 추징당한 경우 언제부터 다시 세액공제를 받을 수 있는지, 추징이 이루어진 그 해에는 공제가 되는지가 헷갈립니다.

이 글은 두 가지 쟁점을 법령 문언 · 국세청 해석 · 신고서식의 계산구조 세 가지로 나누어 정리한 것입니다.

📖 관련 세법은 이렇게 규정합니다

조문내용
조특법 §126의6 ①성실신고확인서를 제출하는 경우 성실신고 확인에 직접 사용한 비용의 100분의 60을 해당 과세연도의 소득세(사업소득분) 또는 법인세에서 공제. 단서에서 공제세액의 한도를 120만원(내국법인 150만원)의 범위에서 대통령령으로 정하도록 위임
조특령 §121의6 ①공제세액의 한도 — 개인 성실신고확인대상사업자 120만원, 성실신고확인대상 내국법인 150만원 (개정 2018. 2. 13.)
조특령 §121의6 ②성실신고확인서를 제출할 때 기획재정부령으로 정하는 성실신고 확인비용세액공제신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출
조특법 §126의6 ②공제를 적용받은 자가 사업소득금액등(법인은 법인세법 §13 과세표준)을 과소신고한 경우로서, 과소신고액이 경정(수정신고 포함)된 금액의 100분의 10 이상이면 공제받은 세액을 전액 추징
조특법 §126의6 ③경정일이 속하는 과세연도의 다음 과세연도부터 3개 과세연도 동안 성실신고 확인비용 세액공제를 하지 아니함
조특법 §144 ①§126의6이 이월공제 대상에 포함됨. 납부할 세액이 없거나 최저한세에 미달하여 공제받지 못한 금액은 다음 과세연도 개시일부터 10년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월공제
조특법 §144 ②§126의6에 따라 공제할 금액과 §144①에 따라 이월된 미공제 금액이 중복되는 경우 이월분을 먼저 공제하고, 이월분 상호간에는 먼저 발생한 것부터 차례로 공제

🔍 쟁점별로 살펴보겠습니다

쟁점 1. 한도 120만원 · 150만원은 무엇에 대한 한도인가

국세청은 두 차례에 걸쳐 같은 취지의 해석을 내놓았습니다. 요지는 성실신고 확인비용 세액공제는 매 과세연도마다 공제요건과 한도액을 적용하는 것이며, 전기 이월된 미공제세액이 있는 경우에도 해당 과세연도에 직접 사용한 비용의 60%에 해당하는 금액을 §126의6 ① 단서의 한도액 범위에서 공제한다는 것입니다.

논거설명
㉮ 문언회신문에서 공제의 대상은 "해당 과세연도에 직접 사용한 비용의 60%"로 특정되어 있고, 한도는 그 금액에 걸립니다. "이월세액이 있는 경우에도"라는 표현은 이월액의 존재가 당해연도 한도를 잠식하지 않는다는 취지로 읽는 것이 자연스럽습니다
㉯ 체계조특법 §144②는 이월분과 당해분이 중복될 때 이월분을 먼저 공제하라고 정합니다. 이는 양자가 각각 공제된다는 것을 전제로 한 규정입니다. 총액이 하나의 한도로 묶인다면 이 순서규정 자체가 의미를 잃습니다
㉰ 서식별지 제78호 서식은 "1. 당기분 공제대상세액 계산"에서 한도를 적용해 ④를 산출하고, "2. 당기 공제세액"에서 ⑤당기분과 이월분을 합산해 ⑯계를 만든 뒤 ⑰을 차감해 ⑱을 도출합니다. 한도는 ④단계에서 이미 소진되고 ⑱단계에서 다시 걸리지 않습니다

국세청이 예시한 적용방법은 다음과 같습니다.

국세청 예시 — 전기 이월 미공제세액이 있는 경우 확인비용세액공제 적용방법
국세청 예시 — 전기 이월 미공제세액이 있는 경우 확인비용세액공제 적용방법

서식으로 확인하면 구조가 더 분명해집니다. 아래는 조세특례제한법 시행규칙 별지 제78호 서식 「성실신고 확인비용세액공제신청서」의 계산 흐름을 옮긴 것으로, 노란색 부분이 핵심입니다.

조세특례제한법 시행규칙 별지 제78호 서식 「성실신고 확인비용세액공제신청서」 계산구조
조세특례제한법 시행규칙 별지 제78호 서식 「성실신고 확인비용세액공제신청서」 계산구조
서식 항목의미한도 적용 여부
③ 공제한도액개인 120만원 · 법인 150만원기준값
④ 당기분 공제대상 세액② 공제가능액과 ③ 공제한도액 중 적은 금액여기서 한도 적용
⑯ 계⑤당기분(=④)과 이월분 ⑥~⑮의 합계액한도 재적용 없음
⑰ 결손 등 사유로 미공제액당해 과세연도에 결손이거나 산출세액을 초과하여 공제할 수 없는 금액을 반영하는 란으로 해석하는 것이 타당합니다해당 없음
⑱ 공제세액(⑯-⑰)당해연도에 실제로 세액공제 받는 금액한도 재적용 없음
⑲ 소멸 · 이월액(⑯-⑱-⑲)이월기간 경과분은 소멸, 나머지는 다음 연도로 이월해당 없음

쟁점 2. 추징이 된 경우 언제부터 다시 공제받을 수 있나

2021년 귀속 성실신고확인비용 세액공제액에 대하여 2024년 10월 20일 경정 · 추징이 이루어진 경우를 도표로 정리하면 다음과 같습니다.

2021년 귀속분 추징 시 연도별 세액공제 가능 여부
2021년 귀속분 추징 시 연도별 세액공제 가능 여부
과세연도적용 결과이유
2021년공제받은 세액 전액 추징과소신고 사업소득금액등이 경정된 금액의 10% 이상 (§126의6②)
2024년 (경정일이 속한 연도)세액공제 가능배제기간은 다음 과세연도부터 시작 (§126의6③)
2025년 · 2026년 · 2027년세액공제 불가다음 과세연도부터 3개 과세연도 배제
2028년세액공제 가능배제기간 종료

실무에서는 경정일이 속하는 과세연도를 정확히 확인해야 다시 공제가 가능한 시기를 알 수 있습니다. 법문상 기산점은 고지서를 받은 "추징일"이 아니라 "경정일"입니다. 경정일과 고지일이 다른 경우 배제기간이 한 해 어긋날 수 있으므로 결정결의서 등으로 경정일을 확인하시기 바랍니다.

쟁점 3. 서식은 얼마나 강한 근거가 되는가

구분내용
서식의 지위별지 제78호 서식은 조특령 §121의6②의 위임에 따른 기획재정부령상 서식으로, 국세청 예규(행정해석)보다 형식적 효력 순위가 앞섭니다. 과세관청이 스스로 설계한 계산구조라는 점에서 해석의 유력한 방증이 됩니다
한계서식은 신고 · 신청 절차를 위한 것이므로, 법률과 시행령이 정한 실체적 과세요건을 창설하거나 변경할 수는 없다고 보는 것이 일반적입니다
서식에 기반한 국세청의 해석성실신고 확인비용에 대한 세액공제 적용 시 당해 과세연도에 실제 공제가능한 세액은 “이월된 미공제세액”에 “당해 과세연도에 성실신고 확인에 직접 사용한 비용의 100분의 60에 해당하는 금액으로서 한도액 범위내에서 계산된 공제액”을 합한 금액인 것입니다.(서면소득2026-2516, 2026.07.23.)

🧮 사례로 계산해 보면

법인(한도 150만원)이 전기 이월 미공제세액 70만원을 보유한 상태에서 당기 확인비용 300만원을 지출한 경우입니다.

구분금액산식 · 서식 항목
전기 이월 미공제세액700,000원서식 ⑥~⑮ 이월분
당기 성실신고확인비용3,000,000원서식 ①
당기 공제가능액1,800,000원3,000,000원 × 60% (서식 ②)
당기 공제한도액1,500,000원법인 한도 (서식 ③)
당기분 공제대상 세액1,500,000원② 와 ③ 중 적은 금액 (서식 ④ = ⑤)
당해연도 세액공제 가능 최대금액2,200,000원이월분 700,000원 + 당기분 1,500,000원 (서식 ⑯)

위 2,200,000원은 산출세액 범위 내에서만 실제로 공제됩니다. 산출세액이 부족해 공제하지 못한 금액은 서식 ⑰란에 반영되고, 조특법 §144①에 따라 잔여 이월기간 내에서 다시 이월됩니다.

✅ 정리 및 실무 포인트

  • 한도(개인 120만원 · 법인 150만원)는 당기 발생분에 적용하고, 이월분은 별도로 합산한다
  • 공제순서는 이월분 먼저, 이월분 상호간에는 먼저 발생한 것부터 (§144②)
  • 미공제분의 이월기간은 10년 — 서식에도 이월분 1차연도부터 10차연도까지 칸이 있다
  • 성실신고확인비용 세액공제는 최저한세 적용 배제, 농어촌특별세 비과세
  • 배제기간의 기산점은 경정일이며, 경정일이 속하는 과세연도에는 공제가 가능하다
  • 과소신고액이 경정된 금액의 10% 이상이어야 추징 대상이다
  • 공동사업장은 확인비용을 손익분배비율로 배분한 뒤 구성원별 단독사업 부담분과 합하여 60%를 적용하고, 구성원별로 한도를 적용한다
  • 성실신고확인서를 기한 내 제출하지 않으면 산출세액의 5% 가산세가 부과되고 세액공제도 받지 못한다
  • 확인비용 지급에 대한 세금계산서 · 현금영수증 등 증빙을 반드시 보관한다

📚 관련 예규

문서번호요지
서면소득2026-2516, 2026.07.23.조세특례제한법 제126조의6 및 같은 법 제144조에 따른 성실신고 확인비용에 대한 세액공제 적용 시 당해 과세연도에 실제 공제가능한 세액은 “이월된 미공제세액”에 “당해 과세연도에 성실신고 확인에 직접 사용한 비용의 100분의 60에 해당하는 금액으로서 한도액 범위내에서 계산된 공제액”을 합한 금액인 것임.
서면-2023-법인-1430, 2023.6.19.성실신고 확인비용 세액공제는 매 과세연도마다 공제요건과 한도액을 적용하는 것이며, 전기 이월된 미공제세액이 있는 경우에도 해당 과세연도에 직접 사용한 비용의 60%에 해당하는 금액을 §126의6①단서의 한도액 범위 내에서 공제하는 것임
서면-2024-소득-3454 (소득세과-1502), 2025.7.22.위와 동일한 취지를 재확인. 관련법령으로 조특법 §144②(이월분 우선공제 순서)를 함께 인용하고 있음

✍️ 맺음말

이월세액 잔액이 있는 경우로서 성실신고확인비용세액공제의 경우 당기세액공제 한도규정과 이월세액공제 관련 규정의 해석에 논란이 있었으나 2026.7.23. 국세청의 예규로 명확해졌습니다. 즉 이월세액공제액과 당기발생비용에 대한 세액공제액(한도 120만원 또는 150만원)의 합계액을 해당과세연도에 산출세액범위내에서 공제가 가능하다는 점을 명확히 하고 있습니다.